संरचना दस्तावेज़ों के साथ काम करें
मुख्य AtomLens दस्तावेज़ विंडो वह स्थान है जहाँ आप किसी अणु या प्रतिक्रिया संदर्भ को पेस्ट, रेंडर, निरीक्षण और निर्यात करते हैं।
दस्तावेज़ विंडो को दाईं ओर एक विस्तृत इंटरैक्टिव ड्रॉइंग कैनवास और ओवरव्यू साइडबार के चारों ओर व्यवस्थित किया गया है। टूलबार हमेशा एक बड़े डायलॉग में संपूर्ण संरचना या प्रतिक्रिया स्रोत को संपादित करने और Ketcher में वर्तमान संरचना या प्रतिक्रिया को ड्रॉ करने के लिए अलग-अलग क्रियाएँ प्रदान करता है।
दस्तावेज़ खोलना
आप फाइंडर से, से रसायन फ़ाइलें खोल सकते हैं। File > Open..., से Open Recent, से स्थानीय अणु फ़ाइलें, या से प्रबंधित रिपॉजिटरी ब्राउज़र। AtomLens समर्थित टेक्स्ट इनपुट में एम्बेड होने पर सामान्य अणु प्रारूप, प्रतिक्रिया प्रारूप, सादा-पाठ रसायन इनपुट और CXSMILES जैसे आधुनिक संकेतन खोलता है।
- जब आप पहले से ही जानते हों कि आप कौन सी फ़ाइल या टेक्स्ट की जाँच करना चाहते हैं, तो दस्तावेज़ विंडो का उपयोग करें।
- जब आप पहले मनमाने स्थानीय फ़ाइलों को खोजना चाहते हैं, तो macOS पर 'स्थानीय फ़ाइलें ब्राउज़ करें…' का उपयोग करें। iPad पर, लाइब्रेरी उसी खोज और फ़िल्टर पर लौट आती है; ओपन डॉक्यूमेंट्स आपके टैब्स को फिर से खोलता है।
- प्रतिक्रिया दस्तावेज़ों को संपूर्ण प्रतिक्रियाओं के रूप में देखा जा सकता है, प्रतिक्रिया फ़ाइलों के रूप में निर्यात किया जा सकता है, या जब आपको व्यक्तिगत संरचनाओं की आवश्यकता हो तो प्रतिभागी-दर-प्रतिभागी सहेजा जा सकता है।
इनपुट और रेंडर
टूलबार में Edit Structure Source या Edit Reaction Source चुनें। बड़ा संपादक समर्थित रसायनशास्त्र पाठ स्वीकार करता है और Apply & Render तक परिवर्तनों को चरणबद्ध रूप से लागू करता है। Cancel दस्तावेज़ को अपरिवर्तित छोड़ देता है।
- IUPAC नाम दर्ज करें… संपादक में समर्थित नाम को संरचना स्रोत में परिवर्तित करता है। दस्तावेज़ को अपडेट करने के लिए परिणाम लागू करें।
- SMILES, InChI, MOL/SDF, या प्रतिक्रिया पाठ की समीक्षा या प्रतिस्थापन के लिए स्रोत संपादक का उपयोग करें।
- Draw Structure या Draw Reaction एक अलग ड्राइंग संपादक खोलता है। वर्तमान दस्तावेज़ को अपडेट करने के लिए इसके परिवर्तनों को लागू करें।
- एक नए चित्र के लिए फ़ाइल > नया रसायनिक आरेख संपादक खोलता है। देखें ड्राइंग वर्कफ़्लो.
वर्तमान अणु (macOS) के साथ खोजें
मॉलीक्यूल विंडो के टूलबार में सर्च का उपयोग करके प्रदर्शित संरचना के साथ मैनेज्ड रिपॉजिटरी में खोजें।
- समान संरचनाएँ खोजें… 0 और 1 के बीच न्यूनतम टैनिमोटो समानता स्कोर मांगता है, फिर रैंक किए गए परिणाम खोलता है।
- सबस्ट्रक्चर मैच ढूँढता है उन रिपॉजिटरी अणुओं को जो प्रदर्शित संरचना को शामिल करते हैं।
- कई अणुओं वाली फ़ाइल के लिए, क्वेरी केवल वर्तमान में प्रदर्शित अणु है। लागू किए गए संपादन शामिल हैं; क्वेरी को रिपॉजिटरी में सहेजने या आयात करने की आवश्यकता नहीं है।
- परिणाम एक अलग विंडो में खुलते हैं। स्रोत दस्तावेज़ और कोई भी मौजूदा ब्राउज़र खोज उपलब्ध रहती है। खाली दस्तावेज़ या प्रतिक्रिया के लिए खोज अक्षम है।
कैनवास और शैली उपकरण
केंद्र कैनवास इंटरैक्टिव है। आप दस्तावेज़ विंडो छोड़ने के बिना ज़ूम, घुमाव, रीसेट और स्नैपशॉट ले सकते हैं।
- ज़ूम और रोटेशन स्लाइडर सक्रिय दृश्य को तुरंत बदल देते हैं।
- स्नैपशॉट ड्राइंग क्षेत्र के वर्तमान दृश्य को एक छवि के रूप में कैप्चर करता है।
- अणु या प्रतिक्रिया HUD को दृश्यमान बनाए रखने के लिए रीसेट के बगल में पिन का उपयोग करें। भरा हुआ पिन का अर्थ है पिन किया गया; क्रॉस किया हुआ पिन का अर्थ है अनपिन किया गया। प्रत्येक नया कैनवास अनपिन की स्थिति में शुरू होता है, और अनपिन करने पर निष्क्रियता के बाद सामान्य फीका पड़ना पुनः लागू हो जाता है।
- टूलबार डिस्क्रिप्शन-शैली के नियंत्रण प्रदान करता है, जैसे तत्वों के रंग, बंधों के रंग, सुगंधित वृत्त, हाइलाइट शैली और संबंधित ड्राइंग विकल्प।
- प्रतिक्रिया दस्तावेज़ ड्राइंग अनुभाग के लिए समान इंटरैक्शन मॉडल का उपयोग करते हैं, और जब परमाणु-मानचित्र जानकारी उपलब्ध होती है तो अतिरिक्त प्रतिक्रिया-जागरूक नियंत्रण प्रदान करते हैं।
2D और 3D अणु दृश्य
मॉलिक्यूल कैनवास 2D/3D चयनकर्ता प्रदान करता है। पूरे अभिक्रियाएँ 2D में ही रहती हैं। 3D दृश्य केवल एक दृश्यांकन है, यह प्रयोगशाला में मापी गई या ऊर्जा-न्यूनतमकृत संरचना का प्रमाण नहीं है।
- बॉल बॉल्स और स्टिक्स दिखाता है, स्टिक बंधनों पर जोर देता है, और CPK स्थान-भरने वाले गोले का उपयोग करता है।
- परमाणु रंगों के लिए पैलेट नियंत्रण का उपयोग करें। CPK प्रतिनिधित्व और CPK रंग पैलेट अलग-अलग विकल्प हैं। देखें उपलब्ध पैलेट्स और श्रेय.
- 3D मॉडल घुमाने के लिए माउस से ड्रैग करें या ट्रैकपैड पर क्लिक-ड्रैग करें। दो उंगलियों से स्क्रॉल करके इसे कैनवास पर घुमाएं, पिनच करके ज़ूम करें, और दो उंगलियों को मरोड़कर रोल करें। माउस व्हील से भी ज़ूम किया जा सकता है। ट्रैकपैड स्क्रॉलिंग आपकी macOS स्क्रॉलिंग प्राथमिकता का पालन करती है; 2D में ड्रैग करने पर ड्राइंग चलती है।
- स्नैपशॉट वर्तमान 3D दृश्य को PNG के रूप में कैप्चर करता है। File > Share और SVG एक्सपोर्ट 2D निरूपण का उपयोग करते हैं, जिसमें PNG/PDF शेयर प्रारूप शामिल हैं।
- iPad पर, एक उंगली से ड्रैग करके 3D मॉडल घुमाएँ और दो उंगलियों से ड्रैग करके इसे कैनवास पर चलाएँ। ज़ूम करने के लिए पिंच करें और रोल करने के लिए दो उंगलियों को मोड़ें। ऑटो-रोटेशन जेस्चर के दौरान रुकता है और दोनों प्लेटफ़ॉर्म पर जेस्चर समाप्त होने पर फिर से शुरू हो जाता है। स्थिर ओरिएंटेशन के लिए इसे बंद कर दें। X, Y, और Z स्लाइडर, रीसेट, और स्नैपशॉट HUD में बने रहते हैं।
अवलोकन साइडबार
Overview साइडबार वर्तमान संरचना या चयनित प्रतिक्रिया प्रतिभागी के बारे में AtomLens को जो कुछ ज्ञात है, उसका सारांश प्रस्तुत करता है। सामान्य मानों में सूत्र, आणविक भार, मोनोआइसोटोपिक द्रव्यमान, रिंग काउंट, Rule-of-Five स्थिति, और SMILES या InChI जैसे उत्पन्न पहचानकर्ता शामिल हैं।
- आईडेंटिफ़ायर के बगल में मौजूद कॉपी बटन आपको सटीक मानों को अन्य उपकरणों में जल्दी से स्थानांतरित करने की सुविधा देते हैं।
- जब आप किसी प्रतिक्रिया के साथ काम करते हैं, तो अवलोकन पूरे प्रतिक्रिया पर स्थिर रहने के बजाय चयनित प्रतिभागी का अनुसरण करता है।
- जब आप बड़ा कैनवास चाहते हैं तो ओवरव्यू साइडबार छिपाएँ। प्रतिक्रियाओं के लिए एक अलग प्रतिभागी क्षेत्र उपलब्ध रहता है। 'अनउपलब्ध' के रूप में चिह्नित मानों की गणना नहीं की जा सकी; वे शून्य नहीं हैं।
निर्यात करें और साझा करें
उपयोग करें File > Export... जब आप वर्तमान अणु या अभिक्रिया को किसी अन्य रसायनशास्त्र प्रारूप में लिखना चाहते हैं। उपयोग करें File > Share जब आप वर्तमान अणु या पूरी प्रतिक्रिया का चित्रण SVG, PNG, या PDF के रूप में मानक macOS साझा गंतव्यों के माध्यम से भेजना चाहते हैं।
- सामान्य अणु निर्यात विकल्पों में शामिल हैं
.svgचित्रण और रासायनिक सूत्र जैसे.sdf,.smi,.inchi,.mol2,.cml, और.rgfजब आर-समूह डेटा लिखा जा सकता है। - ChemDraw CDX और ChemDraw CDXML संपादन योग्य 2D अणु और अभिक्रियाएँ निर्यात करते हैं। असमर्थित रसायनशास्त्र त्रुटि उत्पन्न करता है। दोनों प्रारूपों को प्रबंधित रिपॉजिटरी में खोला या आयात भी किया जा सकता है। असमर्थित रसायनशास्त्र त्रुटि उत्पन्न करता है; रिपॉजिटरी आयात के दौरान मूल ड्राइंग बरकरार रहती है।
- प्रतिक्रिया दस्तावेज़ों को के रूप में निर्यात किया जा सकता है
.rxn,.rdf,.rsmi,.rinchi, या प्रतिक्रिया-वाहक.cml. Save to Managed Repository...सामान्य-उद्देश्यीय निर्यात के बजाय एक प्रबंधित रिपॉजिटरी प्रविष्टि बनाता है।- रिपॉजिटरी सेव फ्लो जानबूझकर एक्सपोर्ट की तुलना में संकीर्ण है: यह केवल उन केमिस्ट्री फ़ाइल फ़ॉर्मेट्स को स्वीकार करता है जिन्हें AtomLens सीधे किसी अणु या प्रतिक्रिया विंडो में फिर से खोल सकता है।
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