Configuración e integración del sistema

Paneles de configuración

AtomLens agrupa los ajustes en paneles específicos:

• Espacio de trabajo: incluye Open a browser when launching AtomLens y te permite elegir entre Archivos de moléculas locales o Repositorio gestionado como navegador predeterminado.
• Repositorio gestionado: incluye Sync chemical files over iCloudAl desactivarlo, el repositorio gestionado sigue estando disponible y su contenido se guarda localmente en ese Mac o iPad.
• Tamaño del texto: controla una escala del navegador de ayuda, además de opciones prácticas de tamaño de texto de la interfaz de usuario que se utilizan en todas las pantallas de AtomLens.
• Permisos: incluye la función que facilita el acceso en modo sandbox a la carpeta de inicio.
• Servidor MCP: configura el acceso local a stdio y HTTP para los clientes de automatización.
• Las secciones «Atajos» y «Acerca de» te ofrecen información de referencia sin que tengas que salir de la app.

Diagnóstico de exportación

En Mac y iPad, ve a Ajustes > Acerca de > Exportar datos de diagnóstico…, elige una ubicación y, a continuación, comparte el informe JSON guardado cuando pidas ayuda. Incluye la hora aproximada en la que se produjo el incidente, la versión de la aplicación y lo que estabas haciendo.

El informe incluye mediciones recientes de memoria y actividad, detalles de las apps y los dispositivos, y los informes disponibles de Apple MetricKit. El historial local tiene un límite de tamaño fijo y se conserva hasta siete días. Se excluyen los contenidos de Molecule y las rutas de los documentos; no se envía nada automáticamente. Si se cierra la app a la fuerza, puede que no quede ningún evento final.

En OS 27, los informes de Apple disponibles también describen actividades como el escaneo PDF, la indexación, la búsqueda estructural, la visualización en 3D y la automatización de documentos. Los informes iPad pueden incluir interrupciones por límite de memoria; las métricas 3D pueden incluir el rendimiento de los fotogramas. La actividad descrita en los informes proporciona contexto para la investigación, pero por sí sola no determina la causa de un fallo ni el uso de recursos.

En Mac, Workspace también ofrece la visualización «Start 3D» con rotación automática. En iPad, puedes controlar la rotación directamente en el HUD del lienzo. Ambas plataformas ofrecen controles independientes para la interfaz y el tamaño del texto de la Ayuda en la sección «Tamaño del texto».

Permisos

En entornos macOS en modo aislado, es posible que AtomLens necesite permisos de acceso a los archivos para que las funciones de reabrir, buscar, «Quick Look» y actualizar las etiquetas del Finder funcionen mejor.

• Si un archivo no se vuelve a abrir desde «Buscar» o «Abrir recientes», ábrelo una vez a través del selector de archivos y concede acceso si macOS te lo pide.
• Si las etiquetas del Finder no se actualizan a partir de los archivos locales de moléculas, concede acceso a la ubicación correspondiente e intenta volver a realizar la acción de etiquetado.
• La opción Grant Access... Esta función está pensada para evitar tener que volver a introducir datos en los campos que usas a menudo.

Finder y Spotlight

AtomLens se integra con las interfaces del sistema de macOS para que los archivos de química sigan siendo útiles fuera de la ventana principal de la aplicación.

• Vista rápida: las vistas previas de Chemistry están disponibles en el Finder, en los archivos de moléculas locales y en el repositorio gestionado.
• En primer plano: AtomLens genera metadatos químicos con capacidad de búsqueda para consultar archivos locales.
• Etiquetas de Finder: «Archivos de moléculas locales» y «Repositorio gestionado» leen los metadatos de etiquetas y etiquetas nativas, filtran según ellos y pueden volver a guardar en los archivos los cambios seleccionados en las etiquetas.

Ejemplos útiles de Terminal

mdfind 'de_losko_atomlens_is_molecule == 1'
mdfind 'de_losko_atomlens_is_reaction == 1'
mdfind 'de_losko_atomlens_inchi_key == "HVQAJTFOCKOKIN-UHFFFAOYSA-N"'

Servicio MCP

AtomLens incluye un programa auxiliar MCP integrado y un panel de configuración del servidor MCP local para clientes externos como Codex. En una instalación estándar de macOS, el programa auxiliar se encuentra en /Applications/AtomLens.app/Contents/Helpers/atomlens-mcp.

• Si eres cliente de stdio MCP, ejecuta atomlens-mcp directamente. te informo que...
• Para los clientes HTTP JSON-RPC, abre «Configuración», selecciona «Servidor MCP», elige el puerto, conserva o crea el token «bearer» necesario y, a continuación, inicia el servidor.
• Usa «Crear» para generar un token de portador y activa «Iniciar al iniciar sesión» cuando quieras que el servidor HTTP siga estando disponible tras iniciar sesión, aunque AtomLens no esté abierto.
• El punto final HTTP local gestionado por «Configuración» se vincula a 127.0.0.1 y el valor por defecto es http://127.0.0.1:8080/mcp. No expongas el helper fuera de una conexión de bucle cerrado de confianza.
• Las solicitudes HTTP deben incluir el token «bearer» configurado. El helper rechaza los cuerpos de solicitud que superen 1 MiB antes de leerlos.
• El ayudante de inicio al iniciar sesión lee la configuración MCP creada por la aplicación en «Application Support» y se cierra sin esperar si a esa configuración le falta un token de portador.
• El conector Codex permite alternar entre las opciones de edición ~/.codex/config.tomlEs posible que AtomLens te pida acceso a la carpeta de inicio antes de instalarlo.
• La interfaz actual de MCP incluye funciones de búsqueda en el repositorio, añadir elementos, recuperar por lotes, búsqueda por identificador exacto, exportar, eliminar, etiquetas de color, favoritos y metadatos de uso reciente.

Configuración de Codex

[mcp_servers.atomlens]
command = "/Applications/AtomLens.app/Contents/Helpers/atomlens-mcp"
enabled = true

Después de guardar la configuración de Codex, reinicia Codex para que vuelva a cargar la lista de servidores MCP.

Solución de problemas

• La función «Apply & Render» está desactivada: la entrada actual está vacía o AtomLens aún no puede detectar un formato de estructura compatible.
• «Archivos de moléculas locales» no muestra ningún archivo: puede que Spotlight aún esté indexando, o que AtomLens aún no haya encontrado nombres de archivo químicos compatibles.
• Los filtros de etiquetas del Finder lo ocultan todo: los filtros de etiquetas del Finder activos se combinan, por lo que un resultado debe coincidir con todas las etiquetas seleccionadas.
• La extracción se detiene antes de tiempo: probablemente la fuente solo contenga un registro válido, mientras que la extracción requiere varios registros.
• Los controles del mapa están desactivados en el modo de reacción: la reacción actual no incluye números del mapa atómico.
• Necesito ilustraciones de reacciones: uso File > Share > Share as SVG, PNG o PDF para obtener una representación visual de toda la reacción. Usa RXN, RDF, Reaction SMILES, RInChI o CML cuando necesites exportar un archivo químico.

Privacidad y licencias

AtomLens es un programa de escritorio que da prioridad al uso local.

• El análisis, la visualización, la navegación, la exportación y la extracción se realizan de forma local en tu Mac.
• La extracción de texto PDF, el reconocimiento de nombres químicos y dibujos asistido por IA, la generación de nombres asistida por IA, la validación determinista de estructuras y las miniaturas de estructuras se realizan de forma local. Los archivos PDF seleccionados y el texto extraído no se suben a la nube.
• Para el uso normal no hace falta tener una cuenta ni iniciar sesión.
• Spotlight y Quick Look mantienen índices locales macOS y cachés de vista previa.
• Los resultados de la exportación y la extracción solo se guardan en los destinos que elijas expresamente.

Aviso sobre el código fuente y la licencia de OPSINSwift (incluido)

Notas sobre el modelo químico del documento: Aviso sobre el modelo y la procedencia, ChemDataExtractor2, licencia MIT, SciBERT, Licencia Apache 2.0, el Aviso sobre la fuente, el modelo y la atribución de la segmentación de imágenes de DECIMER, y el Datos del modelo de nombres de la IUPAC sin conexión y aviso sobre la procedencia.

El icono básico de IA que se usa en el diagrama del flujo de trabajo de escaneo viene de la Conjunto de iconos de IA de la Comisión EuropeaLa Comisión afirma que los iconos se pueden usar libremente sin necesidad de citar la fuente; no obstante, AtomLens indica aquí la fuente en aras de la transparencia.

Detalles sobre la licencia y la atribución de la paleta de colores 3D: Paletas de colores 3D y licencias

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