Référentiel géré et synchronisation iCloud

Panneau « Référentiels »

Managed Repository est le navigateur de bibliothèques gérées pour les fichiers de chimie appartenant à AtomLens. Il est conçu pour s'aligner sur les fichiers de molécules locaux, de sorte que les mêmes fonctionnalités de navigation dans la grille, de tri, d'aperçu rapide, de partage et d'affichage dans le Finder fonctionnent ici aussi.

• Utilise les fichiers de molécules locaux pour effectuer des recherches étendues, optimisées par Spotlight, dans tous les fichiers de chimie déjà présents sur ton Mac.
• Utilise le référentiel géré pour les entrées gérées AtomLens que tu souhaites conserver sous forme de bibliothèque.
• Sur macOS, la recherche dans le référentiel géré est disponible sous forme d’action AtomLens dans l’éditeur de raccourcis. Elle ouvre cette fenêtre et lance la recherche du texte demandé dans le référentiel existant ; l’indexation des fichiers par Spotlight reste gérée séparément par l’importateur de métadonnées. Pour les recherches Siri avec des variables, crée un raccourci personnel qui te demande du texte, transmet la saisie fournie au champ « Texte » de l’action AtomLens et porte un nom facile à retenir, comme « Recherche dans AtomLens ». Lance ce raccourci personnel par son nom ; Siri te demandera alors le terme à rechercher.
• Les fiches du « Managed Repository » se concentrent sur les métadonnées de la bibliothèque et les aperçus. Elles n'affichent pas le chemin d'accès au système de fichiers de la copie gérée.
• Le navigateur se met à jour à partir des modifications observées dans le référentiel partagé, ce qui permet aux changements apportés au contenu et aux métadonnées d'être automatiquement répercutés dans le navigateur.
• Pour les messages « scan », « cache », « text-index », « molecule-index » et « sync » qui s'affichent dans la barre d'état en bas de l'écran, consulte messages d'état du navigateur.
• Sur macOS, les menus contextuels des cartes reprennent la barre d'actions du bas. Les entrées du référentiel peuvent être supprimées depuis le bas Delete... bouton, depuis le menu contextuel d'une carte, ou avec Backspace après la sélection.
• Command-A sélectionne tous les résultats visibles du référentiel géré sur macOS, ce qui permet la suppression et le partage de plusieurs entrées en utilisant le même modèle de sélection que pour les fichiers locaux.
• Sur iPad, chaque fiche de dépôt comporte des boutons sous forme d'icônes compactes pour les balises, le partage et la suppression. Quand tu appuies sur la fiche elle-même, ça ouvre l'élément.

Automatiser les documents de chimie avec les raccourcis

Dans l'application « Raccourcis » d'Apple, ajoute une action et cherche « AtomLens ». Sur les versions Mac et iPad équipées de la version 26 ou ultérieure du système d'exploitation, utilise les actions « Rechercher des documents Chemistry », « Ouvrir un document Chemistry », « Obtenir les propriétés d'un document Chemistry » et « Exporter un document Chemistry ». Ces actions fonctionnent avec les documents enregistrés dans le référentiel géré. L'action existante « Rechercher dans le référentiel géré Mac » continue d'ouvrir le navigateur.

1. Clique sur « Rechercher des documents sur la chimie ». Saisis un nom ou un mot-clé ; tu peux aussi choisir un type de molécule ou de réaction, une couleur ou une plage de masses moléculaires. Le nombre de résultats par défaut est de 20, avec un maximum de 500.
2. Pour un seul document, transmettez un résultat à la fonction « Get Chemistry Document Properties » pour calculer ses propriétés, ou à la fonction « Open Chemistry Document » pour l'afficher dans AtomLens.
3. Transfère ce document vers « Exporter un document chimique » et choisis « Original », « SVG », « PNG », « PDF » ou un format chimique compatible. Ajoute l'action « Enregistrer le fichier » ou « Aperçu rapide » d'Apple pour utiliser le fichier obtenu.

Sur macOS / iPadOS 27, les processus « Exporter les documents chimiques » et « Obtenir les propriétés des documents chimiques » traitent une sélection en une seule opération. Par exemple, recherche les documents avec une étiquette de couleur, transmets les résultats à la fonction « Exporter les documents de chimie » en utilisant l'option « Original », puis transmets les fichiers renvoyés à la fonction « Enregistrer le fichier ». Les traitements par lots prennent en charge jusqu'à 500 identifiants sélectionnés et 32 Mio de données de sortie combinées. Les sélections en double ne sont traitées qu'une seule fois ; les exportations portant le même nom de fichier reçoivent des suffixes numérotés.

La recherche, le calcul des propriétés et l'exportation affichent la progression lors d'opérations longues sous OS 27. Annule l'opération via l'interface du système d'origine lorsqu'une commande « Arrêter » est proposée. L'annulation prend effet entre deux étapes de traitement ; un calcul chimique déjà en cours devra peut-être se terminer avant. Un lot annulé ou ayant échoué ne renvoie pas de sélection partielle de fichiers.

Le calcul des propriétés et la conversion de format prennent en charge les documents à structure unique jusqu'à 8 Mio. Utilise l'option « Original » pour conserver un fichier complet comportant plusieurs structures ou plusieurs réactions. Si ton fichier « Original » dépasse la limite de sortie par lot, utilise l'action d'exportation de document unique. Les formats de molécules ou de réactions incompatibles génèrent un message d'erreur explicatif.

Les références aux documents suivent l'élément enregistré lorsque son nom change. Le document doit être disponible sur l'appareil qui exécute le raccourci ; la livraison iCloud peut encore être en attente. Sous OS 27, les documents enregistrés et les fiches de bibliothèque visibles fournissent également un contexte de document à l'index système d'Apple. Les modifications non enregistrées et les fichiers externes non liés sont exclus de ce contexte de document enregistré.

Tu peux lancer un raccourci personnel par son nom via Siri, en utilisant la langue configurée pour Siri. AtomLens propose des noms d'actions en anglais et en allemand. Ces actions traitent les données chimiques directement sur l'appareil et n'impliquent aucune requête PubChem ni aucun téléchargement de document.

Importer depuis PubChem

Sélectionne « PubChem » dans la barre d'outils du référentiel géré. Saisis un nom, un synonyme, un identifiant de composé (CID), un identifiant de substance (SID), une formule, SMILES, InChI ou InChIKey, puis clique sur « Rechercher ». Le système détecte automatiquement les formats de saisie courants ; choisis un type de recherche spécifique en cas de saisie ambiguë. D'autres identifiants incluent les identifiants de registres et de bases de données, tels que les numéros CAS.

Les résultats s'affichent sous forme de fiches de structure dans une fenêtre distincte, déplaçable et redimensionnable sur Mac, ou dans une boîte de dialogue sur iPad. Utilise Afficher plus de résultats pour passer à une autre page, puis choisis Importer sur une carte individuelle. Le fichier SDF 2D d'origine et ses propriétés PubChem sont enregistrés sous le nom de PubChem-CID.sdf dans le référentiel actuel, avec le nom de molécule « PubChem » comme nom d'affichage, et la bibliothèque se met à jour. Le texte de la requête correspondant est mis en surbrillance dans les noms visibles, les codes CID et les formules. « PubChem » peut également correspondre à des synonymes qui n'apparaissent pas sur la fiche. Il n'y a pas de sélection multiple ni de téléchargement groupé. Une fiche ajoutée reste marquée pour la session de recherche en cours.

Les recherches transmettent ce que tu saisis à PubChem PUG REST sur Internet. Les aperçus sont générés localement. AtomLens met en file d'attente les recherches et les téléchargements à un rythme inférieur à cinq requêtes par seconde et réduit la fréquence des requêtes lorsque PubChem est occupé. Tu peux annuler une requête en attente ; une écriture dans le référentiel qui a déjà commencé se termine en toute sécurité. Les fichiers importés utilisent le même emplacement de référentiel local ou iCloud que les autres fichiers gérés.

Exemples de structures et de réactions

Le référentiel géré peut être prérempli avec des exemples de données fournis pour une première prise en main, des démos, des formations et l'examen de App Store. L'outil d'importation ajoute 20 structures « Entité du mois » ChEBI et 20 réactions dérivées de Rhea.

• L'écran d'accueil propose l'option « Ajouter des exemples de structures et de réactions ». Cette option est cochée par défaut uniquement lorsque le référentiel est vide au démarrage.
• Cet importateur est également disponible plus bas dans « Paramètres > Référentiel géré », sous « Ajouter des structures et des réactions types ».
• Les exemples sont stockés au même emplacement dans le référentiel géré que les entrées enregistrées par les utilisateurs, en utilisant iCloud lorsque la synchronisation du référentiel est activée et disponible.
• La vérification des doublons compare les InChIKeys des molécules et les RInChIKeys longues des réactions ; ainsi, quand tu relances l'importateur, il ignore les exemples déjà présents dans le référentiel.
• Une fois l'importation terminée, ouvre Fichier > Référentiel géré… et utilise la recherche, l'aperçu rapide, le filtre « réactions uniquement » ou l'ouverture directe des fiches pour consulter les exemples.

Enregistrer des fichiers dans le dépôt

Utilisation File > Save to Managed Repository... lorsque tu veux que AtomLens crée une copie gérée du contexte chimique actuel.

• Le processus d'enregistrement dans le référentiel n'accepte que les formats chimiques que AtomLens peut rouvrir directement dans une fenêtre de molécule ou une fenêtre de réaction.
• Des résultats visuels comme SVG Reste dans les flux « Exporter » et « Partager ». Ces formats ne sont pas proposés pour l'enregistrement dans le référentiel.
• Sur macOS, vous pouvez ajouter des entrées au référentiel via Save to Managed Repository... ou parmi une sélection de Fichiers locaux des cartes avec Copier dans le référentiel géré.
• L'option « Déplacer vers le référentiel géré... » importe les entrées « Fichiers locaux » sélectionnées et, après confirmation, déplace les originaux dans la corbeille.
• Le contenu synchronisé depuis d'autres appareils peut aussi s'afficher ici automatiquement.

Comportement de synchronisation

Utilise le même compte Apple sur Mac et iPad, puis active la synchronisation des fichiers chimiques via iCloud dans « Paramètres > Référentiel géré » sur chaque appareil. AtomLens synchronise le contenu chimique géré, les balises, les favoris et l'historique d'utilisation via ton espace de stockage privé iCloud lorsqu'il est disponible.

• Les modifications reçues actualisent automatiquement le référentiel. La première synchronisation d'une bibliothèque volumineuse peut prendre un certain temps ; laisse AtomLens ouvert et vérifie l'état du référentiel pendant le processus.
• iCloud : opération temporairement suspendue — une nouvelle tentative automatique signifie que le service Apple est saturé ou limite temporairement les requêtes. AtomLens : le contenu est conservé, et Apple planifie une nouvelle tentative. Les détails peuvent indiquer le délai après lequel Apple a demandé une nouvelle tentative ; il ne s'agit pas d'une estimation du délai d'achèvement. Les avertissements concernant le compte, l'espace de stockage et les conflits restent distincts.
• Les index de recherche, les vignettes, les fichiers et la recherche système peuvent se mettre à jour une fois que le contenu est disponible. L'indicateur de téléchargement/chargement te montre la progression, mais ça ne garantit pas que tous les autres appareils aient reçu toutes les modifications.
• Les fichiers simplement ouverts à partir de dossiers quelconques et les images transférées vers Share ne sont pas automatiquement ajoutés à la synchronisation du référentiel. Enregistre une copie gérée si elle doit figurer dans la bibliothèque partagée.

Métadonnées synchronisées et étiquettes du Finder

Alors que AtomLens fonctionne sur macOS, les balises de référentiel gérées peuvent être répercutées sur les étiquettes du Finder pour les fichiers matérialisés. iPad met à disposition les fichiers et balises gérés via l'application Fichiers.

• Les balises des dépôts, les favoris et l'historique d'utilisation sont inclus dans la synchronisation.
• Les modifications apportées aux libellés dans le navigateur du référentiel restent visibles à la fois dans AtomLens et dans le Finder.
• Les modifications apportées aux étiquettes et synchronisées à distance peuvent être répercutées dans le Finder tant que AtomLens est actif, ce qui permet de garantir une meilleure cohérence de l'état des étiquettes d'un appareil à l'autre.

Quand la synchronisation est désactivée

Si tu désactives Sync chemical files over iCloud Dans les paramètres macOS AtomLens, le référentiel géré reste disponible et stocke le contenu localement sur ce Mac.

• « Fichiers locaux » continue d'offrir une recherche étendue, grâce à Spotlight, parmi les fichiers situés en dehors de AtomLens.
• Le panneau « Managed Repository », le bouton de la barre d'outils, l'élément du menu Fichier et le processus d'enregistrement restent visibles.
• Sur iPad, le référentiel géré, l'enregistrement, les résultats d'extraction, les fichiers, l'aperçu rapide et la recherche dans le référentiel continuent d'utiliser le référentiel géré local.
• Tu peux réactiver la synchronisation plus tard depuis les Paramètres pour transférer à nouveau le contenu géré vers iCloud dès qu'il sera disponible.

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