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化学编辑
使用原子、键、环和反应符号绘制一个简单的分子、反应或搜索查询。
编辑器的用途是什么
AtomLens 包含一个化学编辑器，可直接绘制结构，而无需输入 SMILES 或打开文件。在“本地分子文件”和“托管库”中，“按查询结构搜索”功能会使用此编辑器，因此您可以绘制要查找的结构，然后选择“子结构”或“相似性”。
入门时无需具备高深的化学知识。不妨将这幅图视为一张地图：原子是点，化学键是连接它们的线，环是闭合的环，反应箭头则展示了反应物如何转化为生成物。
打开编辑器并保存您的工作
- “文件”>“新建”将打开一个空白的化学绘图编辑器。您可以直接绘图，或使用“添加结构…”功能。选择“保存到受管存储库…”将把该绘图保存为受管化学条目。
- 在编辑现有分子或反应时，以及在查询编辑器中，均可使用“添加结构…”功能。您可以从“分子浏览器”中选择一个结构、选定一个结构文件，或输入受支持的化学名称或结构文本。点击或轻触画布，即可将新增内容放置在现有绘图旁。点击“撤销”可删除新增内容；点击“取消”则保持绘图不变。从浏览器或文件中选定的内容将复制到草稿中。完整的反应将保留其角色和布局，但无法用作分子搜索查询。
- 在现有文档中，选择“绘制结构”或“绘制反应”会以独立的可移动、可调整大小的 Mac 窗口形式打开分阶段编辑界面。拖动标题栏可调整窗口位置。当窗口宽度较窄时，顶部和底部的工具栏会在按钮组之间自动换行，确保所有工具栏控件均以正常大小显示；检查器支持垂直滚动，“取消”和“使用结构”（或“使用反应”）始终位于底部。“使用结构”或“使用反应”会更新源文档；点击“取消”或关闭编辑器则不会更改源文档。重新打开编辑器时，现有草稿将自动显示在最前。关闭源文档也会关闭其编辑器。如需保留一份副本，请保存或导出更新后的文档。
- “按查询结构搜索”会打开与库中分子搜索相同的编辑器。选择“相似性”或“子结构”，然后点击“搜索”。搜索操作不会将该查询保存为库条目。
- 在 iPad 中，选择“新建”>“在库中绘制结构”，或在文档中选择“添加”>“绘制新结构”。“取消”将丢弃草稿；“使用结构”将打开新文档。点击并拖动可替代 Mac 的鼠标交互方式；源代码编辑器和绘图编辑器仍与文档画布分离。
编辑版面
该编辑器主要分为三个部分：
- 工具栏：选择鼠标或触控板的下一步操作，例如选择、绘制原子、绘制化学键、放置环或擦除。
- 画布：宽大的绘图区域。点击或拖动此处可放置原子、键、模板和反应标记。
- 检查员：右侧面板显示所选原子或键的数量、化学式、质量、化合价检查、选择操作、清理工具和详细属性。
基础绘图工作流程
- 从碳开始。碳是有机结构中常见的起始原子，编辑器默认使用碳。
- 在需要时选择一种元素。在放置原子之前，请使用元素菜单将当前元素从碳切换为氧、氮、硫、氯或其他常见元素。
- 绘制原子间的化学键。选择“键”工具，然后单击或从一个原子拖动到另一个原子。使用“键级”下拉菜单选择单键、双键、三键或芳香键。
- 对于常见形状，请使用模板。环和链工具可快速放置碳链、环己烷或苯等结构。
- 整理布局。如果图纸看起来过于拥挤或不均匀，请使用检查器中的“整理”功能来优化 2D 布局，同时不改变化学连接。
- 执行搜索或继续编辑。在查询搜索中，选择“子结构”或“相似度”，然后单击“搜索”。
工具组
| 工具组 | 用于 | 通俗易懂的说明 |
|---|---|---|
| 选择工具 | 选择“选择”、“套索”、“片段”、“平移”和“擦除”。 | “选择”用于修改现有部件。“套索”通过在区域周围绘制路径进行选择。“片段”有助于选择相连的部件。“平移”用于移动视图。“擦除”用于删除原子、键和反应标记。 |
| 原子和键工具 | 原子、键、楔形、井号、波浪线、正电荷、负电荷、查询原子、查询键和原子映射。 | 在绘制主要化学结构图时请使用这些符号。楔形符号和斜线表示三维方向。波浪线表示立体化学性质未知或未指定。电荷符号用于标示带正电或负电的原子。 |
| 模板工具 | 碳链、环丙烷、环丁烷、环戊烷、环己烷、苯以及已保存的模板。 | 对于常见的碳链和环结构，模板可以节省时间。苯可生成一个芳香六元环。 |
| 反应装置 | 反应箭头、反应加号和反应减号。 | 绘制化学反应式时请使用这些符号。将反应物放在箭头左侧，生成物放在箭头右侧。根据需要，用“+”和“-”符号分隔反应物，或标明添加/移除的部分。 |
| 查看和历史记录 | 撤销、重做、放大、缩小和重置视图。 | 这些操作会更改您的编辑会话或视图，但不会改变化学结构本身。“重置视图”会将绘图重新居中。 |
| 剪贴板 | 复制并粘贴。 | 使用此功能可复制图纸中的部分内容，或在不同的编辑器会话之间移动已绘制的内容。 |
原子和键的性质
选择一个原子或键，以便在检查器中编辑其详细信息。
- 原子标记和元素： 将一个碳原子替换为另一种元素，或输入标签，例如
Cl,N，或O. - 电荷：使用电荷工具或原子检查器添加或移除正式电荷。例如，铵态氮通常带正电荷。
- 同位素、自由基、化合价和显式氢原子：仅在确定结构需要时才使用这些元素。对于大多数简单的结构式，自动处理氢原子和化合价就足够了。
- 键的类型：可选单键、双键、三键或芳香键。双键表示两个共价电子对；芳香键用于表示苯等芳香环。
- 立体键：楔形键和井号键表示键指向页面外或页面后方。当立体化学重要时，请使用这些键。
用于搜索的查询工具
查询工具用于描述搜索中允许的内容，而非绘制某个具体的原子或键。当你知道想要的模式，但并不清楚结果的每个细节时，这些工具就派上用场了。
- 查询中的“Atom”可以表示“任意原子”、“任意杂原子”、一个通用基团，或者一组允许或排除的元素。
- “键查询”可以允许存在多种键类型，也可以要求键属于环或链。
- “芳香性”和“拓扑结构”选项可指定原子或键应为芳香性、脂肪族、位于环中还是位于链中。
- 精确匹配时，使用“精确原子”和“精确键”。 广泛搜索时，使用“查询原子”和“查询键”。
反应装置
反应图将结构与反应标记相结合。
- 反应箭头：表示从反应物到生成物的方向。
- 反应加号：分离多种反应物或生成物。
- 反应减号：在需要时表示类似减法的反应符号。
- 原子图：添加原子编号，以便从反应物到生成物都能追踪同一个原子。这对于反应分析很有帮助，但在绘制简单结构图时可选。
- 反应角色：当可以为某个选项分配角色时，检查器可将其标记为反应物、生成物、反应剂、催化剂、反应条件或溶剂。
检查您的图纸
检查器可帮助您在将图纸用于检索或导出之前发现常见错误。
- “原子与化学键”显示了图示的大小。
- 当 AtomLens 能够计算出公式和质量时，它们会自动更新。
- 隐含的 H 表示氢原子，AtomLens 会自动添加。在线图中，碳原子的氢原子通常是隐含的，而非明确画出的。
- 当一个原子的化学键数量超出正常化学反应的范围（过多或过少）时，Valence 和 Validation 会发出警告。
- 芳构化和去芳构化反应可使合适的环系在芳香型和交替键型之间转换。
- “保存模板”功能可将选定的片段保存下来，以便您稍后从模板菜单中再次使用。
提示：
如果不确定，请先画出你认出的分子部分，先使用简单的原子和化学键，然后仅在搜索需要时，再调整电荷、立体化学或查询选项。
© 2026 Dr. Sascha Losko - Obscure Essentials。保留所有权利。
AtomLens 3.1 · 网站指南已于 2026-10-18 更新。