术语表

名称和标识符

IUPAC名称

一种根据命名规则描述结构的系统化学名称。AtomLens 将受支持的 IUPAC 名称转换为结构输入。

SMILES

一条简洁的文本行，用于编码分子的原子、键、支链、环、电荷，有时还包括其立体化学信息。

ISO SMILES

AtomLens 标签用于表示异构体 SMILES，当相关信息可用时，该标签会保留其立体化学和同位素信息。

CXSMILES

一种扩展的 SMILES 表示法，可包含额外注释，例如坐标、原子标签、高亮标记、马库什特征以及查询信息。

InChI

IUPAC国际化学标识符，一种用于化学结构的标准文本标识符。

InChIKey

由 InChI 衍生出的固定长度哈希值。与完整的 InChI 相比，它更便于搜索和比较，但并非完整的结构描述。

RInChI

反应标识符 InChI 是一种标准标识符，通过组合其参与者的 InChI 标识符来描述化学反应。

RInChIKey

一个源自 RInChI 的哈希标识符。当 AtomLens 能够生成长版、短版和网络版时，会显示这些变体。

Long RInChIKey

信息量最丰富的 RInChIKey 变体。虽然它较长，但在所显示的 RInChIKey 形式中，其实际碰撞风险最低。

简短的RInChIKey

AtomLens 在为提取的反应文件命名时也使用的一种较短的 RInChIKey 变体。

Web RInChIKey

最短的 RInChIKey 变体，旨在用于紧凑的网页搜索和链接，而非作为最强的唯一标识符。

RInChI 状态

反应标识符的生成结果。成功表示已生成该标识符；警告或错误表示 AtomLens 接收到诊断消息。

RInChI 消息

来自 RInChI 生成器的诊断文本，用于解释警告或错误。

分子式

分子中元素的计数，例如乙醇的化学式 C2H6O。

结构特性

原子

结构中的某个元素中心，例如碳、氧、氮或氯。

邦德

原子之间的连接。键级描述了该键是单键、双键、三键、芳香键，还是其他受支持的键类型。

重原子

除氢以外的原子。重原子数通常是衡量结构大小的一个快速指标。

分子量

一个分子的计算质量，单位为道尔顿（Da）。

摩尔质量

该物质1摩尔的质量，以克每摩尔（g/mol）为单位表示。

单同位素质量

根据每种元素最常见的同位素计算出的质量，对质谱分析工作很有帮助。

道尔顿 (Da)

一种用于表示分子级质量的单位。1道尔顿的质量约等于1个质子或中子的质量。

氢键供体

能够捐献氢键的基团，通常涉及连接在氧或氮上的氢原子。

氢键受体

能够形成氢键的原子或基团，通常涉及氧、氮或硫的孤对电子。

TPSA

拓扑极面面积。它根据二维结构估算暴露的极面面积，常用于推断磁导率。

范德瓦尔斯体积

基于原子范德华半径，分子中原子所占据的近似体积。

可转换债券

一种通常可以自由旋转的键。计数越高，往往意味着分子越灵活。

戒指数量

该分子中检测到的环系数量。

五条法则

利平斯基针对药物样小分子制定的简明指南，该指南基于分子量、氢键及相关性质。

芳香性

一种常见于苯类环的键合模式。AtomLens 可用内线或芳香环来表示芳香体系。

立体化学

关于三维构型的信息，例如楔形键、双键几何构型或手性中心。

同位素

同一元素中质量数不同的原子。同位素可以在标识符和异构体 SMILES 中保存。

费用

赋予原子或基团的正电荷或负电荷。

化合价

原子周围键的预期数量或排列方式。异常的化合价可能表明存在真正的特殊情况，也可能表明结构异常。

查询原子

用于搜索或查询格式的原子占位符。它可以代表一类可能的原子，而非某个确切的元素。

查询债券

搜索或查询格式中使用的债券占位符。它可以代表几种可能的债券类型。

重点

一种视觉标注方法，可在不改变底层化学性质的情况下，对原子、键或感兴趣区域进行标记。

反应式

反应

一种涉及输入物质和输出物质的化学转化过程，有时还涉及催化剂或反应条件。

反应物

被反应消耗或转化的一种起始物质。

代理

参与反应但未被视为主反应物或主要产物的试剂、催化剂、溶剂或反应条件。

产品

反应生成的物质。

反应参与者

作为反应组成部分而显示的任何反应物、催化剂或生成物。

化学计量学

反应中某参与物的相对量或系数。

方向

反应箭头的含义，例如正向、逆向、双向、不可行、逆合成、共振或无向。

前言

一种反应方向，其中反应物按照所示的从左到右的方向转化为生成物。

向后

反应方向，即显示的箭头从生成物指向反应物。

双向

一种反应方向，表明正向和逆向转化均相关。

不行

一种反应方向，用于表示该转化未被预期或未发生。

逆合成

一种从目标产品倒推至可能的起始原料的规划方法。

共振

这是同一电子结构的不同表示法之间的关系，而非通常意义上的化学转化。

无向

没有明确反应方向的反应记录。

原子图编号

一个将反应物和生成物中相应的原子相互关联的数字，以便追踪反应过程中的变化。

反应 SMILES

一种基于 SMILES 的反应文本格式，通常使用箭头状分隔符来区分反应物、催化剂和生成物。

格式与符号

CML

化学标记语言（Chemical Markup Language），一种用于表示分子和化学反应的XML格式。

MDL Molfile

一种分子的通用结构文件格式，通常采用 .mol 扩展。

MDL SDFile

一种多记录结构格式，通常使用 .sdf 或 .sd，可以存储分子以及命名的数据字段。

SDF 属性

与 SDF 记录一同存储的命名数据字段，例如供应商 ID、活动值或注释。

V2000

较早且被广泛支持的 MDL Molfile/RXN 语法。

V3000

一种较新的 MDL Molfile/RXN 语法，能够表示更大、更复杂的结构。

多剂量装载

一种 MDL 反应文件格式，通常使用 .rxn 扩展。

MDL RDF

一种MDL反应数据文件格式，可包含反应记录及相关数据。

MOL2 试卷

一种常用于分子建模和原子类型信息的文本结构格式。

PDB

蛋白质数据银行（PDB）格式，通常用于描述大分子三维结构。

XYZ

一种简单的坐标格式，用于列出原子及其三维位置。

CSV

以逗号分隔的值。AtomLens 对提取的 SDF 属性表使用 CSV 格式。

SVG

可缩放矢量图形。AtomLens 可以将结构图导出或分享为与分辨率无关的图形。

PNG

一种栅格图像格式，适用于截图以及在需要图像的应用程序中分享。

PDF

一种基于页面的文档格式，适用于打印、审阅以及在共享时保留矢量信息。

Markush结构

一种包含可变基团的通用结构，常用于描述一类相关化合物。

R基团

马库什结构或查询结构中的可变取代基。

脚手架

结构或结构族的主要共同核心。

重复单元

聚合物中重复出现的结构单元，或称为重复单元。

链接节点

一种符号表示法，用于表示在某些查询结构或聚合物状结构中通过链接实现的重复连接。

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